Если база удаляется только из-за того, что большое количество товара становится неактуальным, то имхо удалять ее не надо.
Есть несколько способов, как решить проблему с товаром, находящимся в базе, который уже не нужен.
1. Снять с публикации. Это можно сделать выставлением в файле импорта поля published со значением 0 через CSVI, если по какой-то причине не хочется обработать товар вручную через панель VM.
2. Тут некоторая сложность есть - если поставить платную версию CSVI, которую не так уж и сложно найти даже для первого VM, появится возможность группового удаления ненужного товара. Но без фоток.
3. Как уже написано выше, удалять руками из БД, но это неудобно, на мой взгляд.
А вот загон по новой базы из-за неактуальности части товара - это, по-моему, просто извращение, это в корне неправильно, и в итоге к чему-нибудь плохому да приведет. Загонять базу по новой, имхо, можно только после крушения.
Если тебя в принципе не устраивает "засорение" базы неактуальным товаром, я могу посоветовать просто не заморачиваться на эту тему, потому что он никак не будет влиять на работу магазина - это раз, и, если уж разобраться, фотки у тебя все равно по старому товару остаются лежать в каталоге. Это же тебя не беспокоит?