(Умничаю) Это элементарная задачка на пересечение множеств
Список полей в импортируемом файле является подмножеством списка полей вашей БД.
Если в этом подмножестве есть поля, которые нельзя апдейтить, но необходимо заполнить при добавлении новых записей, то задача за один проход не решается, и Ваше решение делать это в два этапа абсолютно правильное. СМ содержит исчерпывающее количество опций импорта, с помощью которых можно решить любую подобную задачу в 2-3 этапа.
Только я не очень понял, зачем делать разные эксельки? Можно импортировать все из одной таблицы, используя для каждого этапа свои настройки (список полей + опция импорта).