Зависит от того что уже было сделано при создании сайте, ведь структура сайта это уже часть SEO и начинать надо именно со структуры (которая должны быть сформирована до начала создания сайта), если же сайт уже сделан и есть структура (главная страница, разделы, подразделы и т.п.), то первое чем стоит заняться это написанием уникального, качественного контента, после, заполнением meta-тегов: title и description.