В PrestaShop сильно реализовано управление складом, чего нет у большинства, даже коммерческих движков. Это хорошо для продающего на автомате магазине с большим количеством операций. Особенно если много поставщиков товаров. Кому не нужны такие навороты, могут либо отключить расширенное управление складом (в настройках - птичка), оставив функционал сродни OpenCart, и/или настроить под себя - все делается из админки, в коды лезть не нужно.
Второе отличие - расширенная аналитика. "Как-бы" аналитика есть во многих движках, но настолько серьезно я не видел ни в CS-Cart (хотя он хорош), ни в OpenCart, не говоря уже о любом плужке к CMS типа Joomla.
Из бесплатных движков PrestaShop наиболее близок к OpenCart, условно скажем, как сводный старший брат.