Есть 3 способа обновления:
1. Через модуль импорт магазина - самый простой, но не всегда работает.
2. Экспорт - Импорт, средний по сложности. Иногда нужно руками подправить файл вывода, перекинуть картинки куда нужно. Но руками придется восстановить все настройки магазина и многое другое.
3. Через phpmyadmin. Приходимся по каждой табличке, ищем свои данные и настройки, экспортируем кусочек sql и выполняем его в новой бд. В целом 80-90% прокатит, все что ругается, нужно посмотреть на какое поле и заменить на новое, в крайнем случае убрать и все выполнится. Картинки нужно положить также как и в старом.
По поводу шаблонов, иногда они совместимы (на минорных обновлениях), но очень редко, я каждый раз меняю тот что идет в комплекте.