Мне больше нравится для этих целей Nuke. Прога композерская, но во многом заменяет фотошоп. При начальных знаниях питона не составит труда дополнить существующие ноды смарт пикингом по маске на существующем прозрачном вотермарке. Если файлов много, то переименовать их под секвенцию и загрузить их все сразу. На выходе получаем ту же секвенцию, но уже в обработанном виде.