Почему такие урл не возвращаются? У меня возвращались.
1) Добавь сайт в яндекс вебмастер, может чего интересного прочтешь, так то чего гадать.
2) Проверь на ошибки в коде и на дубли контента.
У меня была ситуация когда был контент в HTML и его копии в PDF - так когда все вылетело, тоже долго думал, пока не догадался PDF от индексации закрыть. Если сам движок делает дубли по другим адресам - тоже их от индексации закрой.
3) Если не лень - после всего этого прояви активность, докинь чуть контента, поставь откуда нить ссылок на вылетевшие разделы. Хотя это не обязательно.