Скорее всего это связано с глюками самого вирчемарта.
У меня была аналогичная ситуация.
Вирчемарт 2.0.20a - все работает ок.
Обновляюсь (на любую из последующих версий, последовательно или с перескакиваниями) - начинаются чудеса с потерей категорий и вообще путей.
Разбирался и обнаружил, что при формировании страницы просмотра товара или просмотра категории половина значений в $this просто отсутствует. Какая-то ошибка. Глюк. Баг. Ерунда короче.
так и работает магазин на той версии, где нет ошибок.
Особенно интересно то, что если делать магазин с нуля на любой из последующих версий, то таких ошибок не возникает. О_о
т.е. глюк вылазит при обновлении.
Совет - попробуйте достать одну из более ранних резервных копий, пока еще все было в порядке.
и, кстати, у нескольких знакомых вебмастеров были подобные проблемы с обновлениями - так один сайт невозможно обновить выше 2.0.14 (начинают сыпаться ошибки), а другой так и остался 2.0.6 (там вообще при обновлении все становится грустно).