На своем опыте.
тИЦ от поддоменов передается, правда у меня помимо основного сайта еще и 2 поддомена в ЯК, но я думаю это не в этом дело...
Когда покачивал основной домен, тИЦ рос, потом уже стояла другая задача, раскрутить поддомен по определенной теме, соотвественно ставил на него ссылки, так вот сначала какое то время тИЦ у поддомена был отдельный, меньше основного домена, а потом у основного домена поднялся тИЦ, и у поддомена стал такой же как и у домена, то есть Я склеил в этом плане поддомен и домен, и тИЦы по какое то схеме тоже склеил. Но как я понимаю он скрестил два множества ссылок: 1-поддомен и 2-домен, а потом от уникальных ссылок уже высчитывал тИЦ. То есть как мне кажеться нет смысла на одной внешней странице ставить ссылки и на домен и на поддомен, Я пощетает это в плане тИЦ как и если бы вы поставили 2 ссылки с 1 страницы на домен, но это все только для тИЦ.
Естественно имхо.