1. Админить без панели можно. Для этого стоит повысить уровень знания в той ОС, что установлена на сервере.
2. Пользоваться бесплатной или платной панелью - это ваш выбор.
Лично мне Вебмин не очень понравился,поэтому я предпочёл бы ISP, и если смущает "арендная плата", то стоит подумать о приобретении вечной лицензии(поверьте, если покупать у партнёров по сниженной цене..это окупается).
И естественно, что сама панель потребляет какие-то ресурсы, поэтому если у вас ограниченные ресурсы на ВДСе(меньше 256М ОЗУ), то панель лучше постоянно не держать включённой...