В том-то и беда, что дело не в базе, а в методах, которых нет в новой joomla 4.
После установки билдера админка дохнет, и вместо dashboard на все пункты меню выдает:
Call to undefined method Joomla\CMS\Application\AdministratorApplication::isAdmin()
Так как в билдере плагин присобачивает ссылки на себя к интерфейсу администратора с помощью старого метода.
p.s. Видимо с учетом таких новшеств под 4-ю версию joomla мы не скоро увидим Билдер. А переход на новую версию уже скоро. Ибо 4-ка в Бета уже и вот-вот будет релиз-кандидат.