Попробую по порядку.
Для начала по процессорам, раз уж Вы за них зацепились.
i3,5,7 - это десктопная серия процессоров. Они предназначены для работы на однопроцессорных платформах (2шт не воткнешь) и имею преимущество в частотке - могут обрабатывать не большое количество процессов, но быстро. Именно поэтому они используются на десктопах. Ибо задачи сервера - как раз многопоточное выполнение различных задач. Ну вы их перечисляли.
Xeon E3 - по сути аналог i-серии десктопов, но он уже расчитан на серверные платформы и соответственно работает с регистровой памятью. В остальном - это тоже самое что и i-серия. Тоже однопроцессорная архитектура.
Xeon E5 - это уже многопроцессорная архитектура, со всеми вытекающими, типа увеличения количества ядер для выполнения еще большего количества процессов одновременно. Так же регистровая память - это уже не десктоп.
Цены на i7 и E3 с одной частоткой будут примерно одинаковые, но за счет необходимости серверной платформы для Xeon, стоимость всей системы будет дороже. По E5 сами понимаете - еще дороже.
Теперь про отличия серверной платформы от десктопа.
Про регистровую память я уже говорил выше - она необходима для стабильности работы сервера.
При удаленном размещении сервера (колокейшене в Вашем случае), очень пригодился бы IPMI - удаленное управление сервером. Иначе в случае подвиса придется мотаться.
Плотность. Если отдавать на колокейшен Tower, то оно выйдет Вам дороже, так как плату берут за количество юнитов занимаемых Вашим сервером в стойке. Конечно будет выгоднее поставить 1RU сервер и платить меньше.
от EFS, чтобы отдельным сообщением не лепить. К тому-же не во всякий датацентр берут Tower на колокейшен, во многих, просто откажут.
По Вашей конфигурации.
Если есть в ТЗ наличие БД - это автоматически необходимо расчитывать на рейд, при чем желательно R10. Дело в том, что работа с БД, может создавать большой поток рандом сика (случайного доступа к разным участкам диска), поэтому наличие большего количества шпинделей (дисков) даст хорошую фору. Ну и заодно защитит данные от потери. Базы относятся к особо критичным данным.