Только вот после бана в поиске, как правило тут же выкидывают из РСЯ (хотя бывают и исключения). Так что нельзя сказать, что совсем уж не связаны.Яндекс.Директ и Яндекс.Поиск, это две ветки практически никак не связанные. Они просто не имеют доступа к информации друг друга. А парсить свою же выдачу чтобы узнать есть или нет сайт в директе по-моему просто маразм.
А по выдаче, действительно, блок Директа никак не влияет на позиции.