Кстати, а Платонам не пробовали писать? Сейчас отвечают более качественно, нежели отписками, попробуйте описать им подробно ситуацию, возможно ответят не шаблонно и проверят, что там со склейкой.
Тут надо писать именно по числу ссылок что отображаются сейчас в вебмастере и раньше. Но вот что помогут не уверен, могут сказать ждите со врменем всё нормализуется. Сейчас же там автоматика, вручную нельзя поправить, то что робот накосячил. А по возвращению позиций/трафика это вообще спрашивать бесполезно - сошлются что они зеркало инета и типа развивайте сайт. В сумме, не уверен что стоит писать, лучше ещё подождать неск мес попутно развивая сайт, старые страницы с ссылками на сайт можно прогнать попробовать чтобы яндекс их переиндексировал уже на новый домен.