Мне лично что бы главная вылезла хотя бы, она основной трафик дает.
Кто нить пробовал рерайтить? получилось выйти из соплей?
Логично предположить, что если переписать главную, а остальные не трогать и закрыть <noindex>, то причина устранится...
ведь неизвестно, какие страницы Яндекс считает копиями, а переделывать весь сайт, если он большой, а трафик дает только морда - смысла нет.
Но это только предположение...Зато его попробовать легче всего