Два больших плюса Flex-a:
1. Быстрое создание GUI приложений. В нем удобно расставлять кнопки, чекбоксы, слайдеры и тд.
2. Дебаггер кода
Я работаю во Flash-e (связка FlashDevelop + Flash CS4). И не хватает только дебаггера (хотя не скажу, что аж так сильно). В остальном очень доволен и переходить не собираюсь, так как во флше не только удобно работать с ресурсами (муви клипы, картинки, звуки и тд) но и создавать их там же.
В общем, если цель создавать приложения, где много кнопок, слайдеров и тд - то флекс. Если игры и разные графические приложения с анимацией - то Флеш.