Чего вообще нужно добится, сохранения таких показателей как ТИЦ и ПР или сохранения результатов выдачи.
в Первом случае показатели должны остаться, за исклоючением нескольких случаев.
во втором, если на главной будет уже рубрикатор, естественно, что на результаты выдачи это повлиет, причем очень серьезно.
И что касается domen.site.ru то его раскричивать нужно уже отдельно, т.к. с точки зрения поисковых систем это совершенно другой сайт.
