У меня было подобное реализованно. Есть в папке cfg лежит файл tables.inc.php внем описаны все таблицы. Берем например таблицу настроек
Создаем в базе копию таблицы SS_settings, например SS_settings1 и в файле tables.inc.php второго магазина пишем
И все в админке второго магазина выставляем новый адрес электронной почты, новые описания. Получается два магазина с разными настройками и так можно со всеми таблицами которые необходимо разделить. Делов-то максимум на час со свеми таблицами. Обновляем базу товара в одном, а все остальное отдельно. Вобщем ни какого программирования. В данном случае главный вопрос это индексация магазинов т.к. при совсем одинаковых описаниях один может быть выкинут из индекса. Я решал уникальными коментариями к товару.
Код:
if ( !defined('SETTINGS_TABLE') )
{
define('SETTINGS_TABLE', 'SS_settings');
}
Код:
if ( !defined('SETTINGS_TABLE') )
{
define('SETTINGS_TABLE', 'SS_settings1');
}