Жуть добавлять целый фреймворк + стиль движка (тут уже совсем не понятно, кроме системного вывода файлов он ни как не мешает верстке в основном только вывод error сообщение и часть иконок и то это все попадает под сортировку id и берется если на нее идет запрос и нужен стилистический вывод) и стиль верстальщика(основной css). Извините, но у меня в голове не усваивается, что из этого вообще может выйти, еще ко всему прочему вы добавляете четвертую css-ку добивая и к тому уже убитого монстра.
Почему то вспомнилась фраза из Простоквашина «Усы, лапы и хвост - вот мои документы»
Первое, выбирая движок его системный стиль уже стилилизирован в однос css который ни как не будет мешать верстке(пример joomla такое принимает, а на modx их не то чтобы нет, они по просту на дизинге не нужны, редко какие движки просят свой css кроме joomla).
Во вторых используя шаблон сверстанный версталщиком, это уже идет основна css всей наработки,но зачем вы туда прилипили бустрап это мне не понятно
В третьих вы реально добиваете когда впихиваете весь стиль бустрапа, а не берете от туда нужное, разрабы даже кастомизатор/генератор сделали для пользователей
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся
Ну и суть вашего вопроса используйте
minify(
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся) как для старта хороший мощный комбайнер и основа любого компилятора, но она токо сокращает и чуть правит.
Софта чтобы отсеял все нужное не существует, увы на роду 4 годовой работы верстальщиком я в помине софта такого не видел.
