Не однократно проводил эксперименты и факты таковы:
1. Если тематика сайта очень жирная лучше поддомен, поддомен может в себе содержать "основной ключ" в самом начале адреса.
2. Сложно построить сайт с общей БД, когда сайт на поддоменах
3. Если один поддомен попадает под фильтр, все остальные не просядут т.к. они будут считаться другими сайтами
4. Видел несколько раз такой прикол: поддомен - сайт по созданию сайтов с полным переспамом - висит 2-3 месяца, потом вылетает в фильтры, создается новый поддомен и о чудо за месяц сайт в ТОПе на 3 месяца (за смешные деньги благодаря дешевым ссылкам).
5. Как по мне, лучше 5 главных страниц, чем 5 страниц 2го уровня, но общий траст одного домена тоже никто не отменял)