Сайт в подпапке - на что может влиять?

[nizulko]

Коллеги, сайт установлен в подпапке.
Собираюсь делать DirectoryIndex /new/index.php через .htaccess
Будет ли подобная схtма влиять на индексацию, как себя будут вести поисковики, как мне прогонять сайт - указывать адрес .ru или .ru/new ? Регить счетчики на основной адрес или на подпапку?..
Прокомментируйте.