Из собственного опыта... Делал сайт на два языка где-то с год назад на домене com. Английский - морда, русский - в папке ru. Из СЕО были такие нюансы:
1. Яндекс никак не хотел аддур-лить морду. Не принимал он тогда сайты на нерусских доменах без русского на морде. Сделал клоакинг с куском русского текста на робота-индексатора - аддурл заработал.
2. От каталогов совсем толку не было. Те, которые кеи в ссылках разрешали, неразрешали добавлять ничего кроме морды. Прорегал с английскими кеями, а русские добил покупными ссылками.
3. В выдаче долго по русским запросам не было, потом вылезла именно папка ru (ну это логично).
Во всем остальном вроде все как обычно. Сайт был сделн так, что все английские страницы ссылались на папку ru (морда в русской версии), а все русские страницы, соответственно ссылались на морду. Так было сделано потому что английская и русская версии структурно практически полностью отличались.