Вот информация, которую пишет производитель в FAQ:
Первым делом необходимо убедиться, что коды счетчиков стоят на одинаковом числе страниц. Проверить это нужно досконально и вдумчиво. Убедится, что на всех страницах код CNStats установлен в одном экземпляре. (Часто бывает что используют php-include код, да еще и графический вставляют, причем не везде дублируют, а кое-где).