апачу (нжиниксу) нет никакого дела, до того, куда вы указали путь для поддомена. это для вас это выглядит скажем как site.ru/folder/another_folder/subdomain, для апач/нжиникс это всего лишь путь в файловой системе до каталога, содержимое которого необходимо вывести в качестве ответа при получении запроса к сабдомену.
по аналогии, имя сабдомена, это ярлык у вас на рабочем столе, а путь в этом ярлыке до физического местонахождения программы/игры, аналогично как site.ru/subsite1 или site.ru/folder/another_folder/subdomain. и где физически находится приложение, собственно без разницы (разве что для большего удобства, игры в папку с играми, рабочие приложения к рабочим приложениям и т.д., но на конечный результат это не влияет)
если это шаред хостинг, то в 99,9999999999999% что вы никак не смените подобную структуру. если это виртуальный или физический сервер, то изменить конфиг виртуальных хостов и указать желаемые пути.
