Добрый день. Вы из прайса, загружаете скажем так, конечную цену, а в "налоговых ставках", в админке, Вы можете добавить НДС.
Если Вам нужно загружать цены без НДС, то при загрузке прайса, уменьшите цену товара на нужный процент (процент НДС) - например: 100$ * 0.8 = 80 $ и используйте округление, чтоб не было копеек.
Так же, в настройках локализации, есть пункт "валюта", в используемой валюте можно выбрать сколько знаков после запятой использовать, думаю если поставить "0", то у Вас вообще не будет отображения цен "с копейками" (я просто не пробовал).