Разница в возможностях движков и в сложности работы с ними.
Вордпресс заметно проще, у Joomla больше возможностей.
Вордпресс - идеальная CMS для блогов, если сайт не блог или блоговая структура для него не оптимальна - то он становится неудобен.
Joomla - одна из лучших CMS для сайтов портального типа, с множеством разных разделов, форумом, досками обьявлений, картинными галереями, базами видеороликов, регистрацией на сайте, магазином, и прочими наворотами.
Обе CMS хорошо индексируются и очень популярны. Есть SeoJoomla - там уже установлены все навороты для улучшения индексации и ранжирования, рекомендую для новичков.
Joomla бывает новая (1.5 и 1.6) и старая 1.0*. Старая весит примерно как вордпресс, новая заметно тяжелей. Но свистелок и перделок в ней больше, и новые делаются в основном под нее.
Все подробности ищи в яндексе, основы я расписал.
Вывод я за Joomla. Лично я люблю старую линейку 1.015, но для себя смотри сам, у новой Joomla тоже много преимуществ. Если ты делаешь блог - то лучше вордпресс, иначе - Joomla.
