По идее, даже не смотря на то дле это или не дле нужно делать примерно так:
1) сесть и проверить все установленные хаки, по возможности все файло которое хаками и модами трогается перепроверить/заменить/сделать заново. Чтоб 100% хвостов не осталось от удаленных хаков.
2) идем в пхпмиадмин и удаляем ручками все таблици кроме нужных. Можно перфикс сменить если ломает удалять или боишся удалить лишнего, потмо восстановиш просто (перед этим делаеш бека БД естественно)
3) Очень внимательно смотриш на размер таблици с поиском, были реальные случаи когда от "грамотной" настройки поиска размер этой таблици превышал суммарно все остальные в разы а то и десятки раз
4) Конкретно в дле идеш в админку и пересчитываеш все в разделе восстановления БД на предмет уборки всякого мусора
5) в пхпмиадмине репайриш БД (к сожелению нет под рукой пхпмиадмина и не могу посмотреть точное название и расположение функции, смысл в том чтоб нормализовать БДи минимизировать издержки)
6) тебе нужни личеры? не думаю. Поставь любой приличный антилич. Хотябы хтассесом проверяй реф и редиректь на главную при отсутствии твоего рефа при запросе файла типа архивов и картинок.
7) сделай себе 404 страницу ошибки. Если есть, то проверь настройки, если проверял недавно то перепроверь еще раз.
В принцепе все вышеперечисленное это достаточно простая нормализация любого движка, это позволяет практически в 99% случаев решить проблемы с превышением нагрузки (не считая когда хост сам просто не справляется, но это явно не твой случай)
